2017'den bu yana Arne Schäfer, Almanya'nın Berlin kentindeki Charité – Universitätsmedizin Berlin'de genetik ve klinik moleküler biyoloji alanında uzmanlaşmış bir üniversite profesörü olarak görev yapmaktadır. 2022 yılında bu pozisyonu kalıcı hale gelmiştir. 2015'ten beri Charité'deki Periodontoloji, Ağız Tıbbı ve Ağız Cerrahisi Bölümü bünyesinde, oral inflamatuar hastalıkların moleküler genetiğine odaklı bir araştırma grubunu yönetmektedir. Bu süre zarfında, Almanya ve Türkiye'deki popülasyonlarda periodontitis için genetik ve epigenetik risk varyantlarını belirlemeyi amaçlayan, TUBİTAK ve Alman Araştırma Vakfı (DFG) tarafından finanse edilen bir proje kapsamında, Sıhhiye, Ankara'daki Hacettepe Üniversitesi, Periodontoloji Bölümü (Prof. Dr. Rahime Nohtucu) ile uzun yıllar süren bir araştırma iş birliği içinde çalışmıştır.
Önceki akademik yolculuğu, 2006-2015 yılları arasında Christian-Albrechts-Universität Kiel'de Klinik Moleküler Biyoloji Enstitüsü'nde doktora sonrası araştırma görevlisi ve genç araştırma grubu lideri olarak bir rolü de içermektedir. Ayrıca, bu dönemde 'Arayüzlerde İnflamasyon' adlı Araştırma Mükemmeliyet Kümesi'nin bir üyesi olmuştur. 2015 yılında Charité'den genetik alanında Venia Legendi unvanını almış, 2013 yılında ise Christian-Albrechts-Universität Kiel'den klinik moleküler biyoloji alanında habilitasyon ve Venia Legendi unvanını elde etmiştir.
Akademik temellerini, 2005 yılında Arabidopsis thaliana bitkisinde amonyum taşıyıcılarının karakterizasyonu üzerine odaklanarak tamamladığı doktora çalışmasıyla Potsdam, Almanya'daki Max-Planck-Moleküler Bitki Fizyolojisi Enstitüsü'nde atmıştır. Bunun öncesinde, 2000 yılında Free University Berlin'den biyoloji diplomasını almış ve Arabidopsis thaliana'da bir gen baskılayıcısının pozisyonel klonlanması üzerine araştırma yapmıştır. Eğitim sürecinde ayrıca, İskoçya'daki Edinburgh Üniversitesi'nde uzun süreli bir laboratuvar dönemi geçirmiş ve burada Arabidopsis thaliana'da bir genin moleküler karakterizasyonu üzerinde çalışmıştır.
Periodontitis, konak genomunun çeşitli dışsal faktörlerle birlikte duyarlılığı ve ilerlemeyi belirlediği karmaşık bir enflamatuar hastalıktır. Bu konuşma, periodontitis riskini artıran ve hipotez içermeyen sistematik tüm genom profilleme ve dizileme çalışmalarında (genom çapında ilişkilendirme çalışmaları ve tüm ekzom ve RNA dizileme çalışmaları (SIGLEC5, PLG, PF4 ve CTSC) tanımlanan genetik faktörler hakkındaki mevcut bilgilerimizi özetlemektedir. Tanımlanan genlerin fonksiyonları, periodontitisle ilişkili gen varyasyonlarından etkilenen sinyal yolaklarının dişeti dokusu bariyerinin korunması, yara iyileşmesi ve doku remodeling fonksiyonlarında birleştiğini düşündürmektedir. Duyarlılık varyasyonlarına sahip bazı genler protein kodlamayan RNA'ları da kodlamaktadır. Özellikle bu düzenleyici RNA'lar (CTD-2353F22.1 ve CDKN2B-AS1), doğrulanmış risk genleri SIGLEC5 ve PLASMINOGEN'i ve kolajen genlerinin ekspresyonunu düzenleyerek enflamasyonu, dokunun remodeling süreçlerine göre hassas bir şekilde ayarlamaktadır. Sonuç olarak, belirlenen genetik duyarlılık genleri periodontitise neden olan moleküler süreçler hakkında yeni bilgiler sağlamaktadır.